L’établissement porte le nom du fondateur du premier Lycée de la capitale (1816). L’institution située initialement en lieu et place de l’ancien local de la Faculté des Sciences – Rue Mgr. Guilloux, ci-devant Rue de Conty ou de l’Egalité – fut transférée sous le deuxième Empire (1852 – 1870) à l’emplacement actuel avoisinant à l’époque, l’ancienne administration des Finances de la colonie. L’inauguration partielle du bâtiment conçu par l’architecte Georges Baussan eut lieu, le 7 janvier 1906, sous la présidence de Nord Alexis. Le Lycée Pétion est le premier établissement scolaire haïtien de cette envergure.

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